So, heute mal nach einen BookStack Update gesucht und nun funktioniert die Abfrage, lag vielleicht doch einfach nur an den Versionen die dazwischen fehlten oder ich hatte Murks im CT.
Die Suche geht so, wenn man BookStack nach dem obigen Script installiert hat, ansonsten muss der Pfad angepasst werden.
Wir melden uns bei Proxmox an, gehen im entsprechenden Container in die Konsole und wechseln in den Ordner von BookStack...
cd /var/www/bookstack
nun noch dem Befehl eingeben...
git pull origin release
und nun kommt bei mir...

Ich bin zu voller Zuversicht, dass BookStack sich jetzt problemlos Updaten lässt, denn alle getesteten Befehle, auch für die Migration der Datenbank gaben keine Fehler aus.